禽类的孵化室消毒是一项非常重要的工作，如果只对使用设备与种蛋消毒，不进行孵化室整体消毒，会对器具与种蛋造成二次污染，应引起高度重视。

1、孵化窒停止孵化期间，首先用高压水冲刷地面，然后密封门窗，进行熏蒸消毒1小时，每35--40立方空间用福尔马林500毫升，高锰酸钾250克。

2、出雏室在出雏结束时，及时取出出雏盘，将死胚蛋（毛蛋）、死弱雏及蛋壳装入塑料袋中，清除出雏室地面，墙壁、天花板的废物，然后用清水冲洗地面、墙壁，然后用0.3%的过氧乙酸喷洒出雏室的地面、墙壁和天花板，进行消毒，每平方米用量30毫升。只有冲洗干净，消毒药才能充分发挥作用。

3、减少出雏室对孵化室的污染，有条件的，应使用绒毛收集器，减少绒毛的污染。

4、如果孵化室与出雏室只有一墙之隔，在出雏期间，应将孵化室与出雏室间的隔离门关闭，防止出雏室内污浊空气逆向流入孵化室。